为有效应对突发公共卫生事件及防控感染性疾病，2014年，耿嘉蔚受命组建云南省第一人民医院感染性疾病专业。科室所在支部获得省优秀基层党组织称号，耿嘉蔚个人也先后获得了优秀共产党员、医德医风等多项奖励。

2020年，新冠疫情突如其来，她领导科室在6小时内完成发热门诊紧急搬迁，组织团队梳理出20多份管理文件，形成隔离病房培训制度并承担培训工作，科学管理，确保不漏诊一例病人，不感染一位医务工作者。

2020年3月29日，耿嘉蔚作为中国抗疫医疗专家组成员，从云南启程赴老挝协助开展疫情防控工作。工作受到当地政府和百姓的肯定，获老挝副总理及卫生部长亲自颁发嘉奖状。她还作为优秀医师代表参加省抗疫宣讲团作巡回事迹报告。

在医、教、研方面，她率领团队建立感染疑难重症、不明原因发热诊治、抗生素合理运用亚专业省内领先。成立了目前省内综合医院唯一的感染重症病房，首个感染专业在省内举办抗生素合理运用学习班，率领科室开展多项西部乃至国内领先的新业务、新技术，获云南省科技进步一、二、三等奖，云南省创新团队一等奖，厅、市科技进步二、三等奖，参与撰写专著四部。

5年来，耿嘉蔚还积极开展专科联盟建设，在易门、石屏等县医院建立专家工作站。连续多年在基层举办国家级继教班，覆盖了全省15个州。